Auf Ratschlag von Elisabeth Schwarzkopf und Rolf Liebermann sowie ausgebildet und gefördert von Ferdinand Leitner und Carl Melles wandte sich Fletzberger dem Dirigieren zu. Rolf Liebermann war es auch, der ihn 1986 als Studienleiter ans Mozarteum Salzburg engagierte („Le Nozze di Figaro“/ Regie: Peter Ustinov, Dirigent: Gary Bertini).